小さな立方体はナノ構造を、その集合はマイクロ構造を意味します。 兵庫県立大のイメージカラーであるネイビーの立方体集合（大学本体）を中心に、それを取り巻くように、 ナノ加工をイメージしたNano-Micro Structure（ナノ・マイクロ研）の頭文字N、M、Sを配置しました。
　これらアルファベットの色の変化は、社会ニーズに対応する研究の適応性・柔軟性を意味しており、本研究センターが 地域社会、地場産業において重要な役割を果たせるようにとの思いが込められています。